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09/02/2022

港大研VIA生物信息分析技術 可用於新冠研究

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  【晴報專訊】科學家一直試圖拆解細胞中蘊含的大量生物信息,冀可了解細胞運作及老化過程中的變化,從而預知如癌症等疾病的形成、發展和治療預後情況。

 

  最近港大研究團隊開發了一種名為VIA的生物信息分析技術,能夠偵察細胞演變的軌跡,一些海外科研團隊更將技術應用於新冠病毒研究,追蹤人體接種疫苗後,對不同病毒的免疫反應。

 

  目前有各種具高精準度的「組學技術」,收集有關單細胞的多方面信息,例如細胞中「打開/關閉」的基因目錄或細胞中存在的蛋白質類型等,但這些計算方法都無法處理龐大的複雜單細胞組學數據,或僅可用來分析某一項特定的細胞特徵。

 

港大電機電子工程系教授謝堅文學(右)領導的團隊,開發名為VIA的新軌跡推理算法。

 

  港大工程學院電機電子工程系謝堅文教授領導的團隊,開發名為VIA的新軌跡推理算法,利用新穎的「無監督式」機器學習方法,模擬人類的思維過程,發掘數據背後的邏輯規律作推敲。在引導VIA機器學習過程中,團隊廣泛收集包括單細胞蛋白質組學、基因相關和其他生物信息的組學數據,並進行全面分析研究。

 

  團隊通過新策略能有效識別生物演化的最佳軌跡,謝指,VIA可以高效自動分類110萬細胞影像,及大大縮減細胞集群分析所需時間,由以往最快演算法需要逾2小時,減至10分鐘。

 

技術可用於新冠病毒研究,追蹤人體接種疫苗後,對不同病毒的免疫反應。

 

預測疫苗產生抗體反應

 

  謝續說,現時與香港和海外的研究人員合作將VIA應用於不同的生物醫學和生物技術,包括跟蹤抗癌治療的效果,以及加速製藥行業的藥物研發過程等。

 

  另外,港大並將VIA技術與全球科學家分享,目前在美國和內地已有科研團隊,把VIA相關工具應用於新冠病毒研究,包括推斷感染後免疫系統的反應、預測重症的發生,疫苗產生的抗體量和反應,以及對療程的反應等,免卻例如重複抽血檢查等常規程序。

 

轉載自: 晴報

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